Как посмотреть, какие флаги -march = native активируют?

Попробуйте это

tf merge /recursive /version:C162489~C162489 "$/SourceBranch" "$/TargetBranch"
tf merge /recursive /version:C162990~C162990 "$/SourceBranch" "$/TargetBranch"

Если у вас нет изменения кода конфликта в этих наборах изменений, TFS 2010 объединит последовательные слияния.