Подробная информация в http://net.tutsplus.com/tutorials/tools-and-tips/how-to-work-with-github-and-multiple-accounts/ , связанная с mishaba очень хорошо работает для меня.
С этой страницы:
$ touch ~/.ssh/config
Затем отредактируйте этот файл как нечто подобное (одна запись для каждой учетной записи):
#Default GitHub
Host github.com
HostName github.com
User git
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
Host github-COMPANY
HostName github.com
User git
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_COMPANY