Используйте javascript для проверки того, была ли она загружена в iframe, поместив следующий скрипт в конец вашего php-файла и перенаправляя страницу, отображающую предупреждение или уведомление о том, что ваша страница не должна загружаться с использованием iframe.
<script type="text/javascript">
if(top.location != window.location) {
window.location = '/error_iframe.php';
}
</script>