Вы можете создать sql для обновления всех таблиц с помощью:
SELECT CONCAT("ALTER TABLE ",TABLE_SCHEMA,".",TABLE_NAME," CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci; ",
"ALTER TABLE ",TABLE_SCHEMA,".",TABLE_NAME," CONVERT TO CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci; ")
AS alter_sql
FROM information_schema.TABLES
WHERE TABLE_SCHEMA = your_database_name;
Захватить вывод и запустить его.
Ответ Арнольда Дэниелса выше более изящный.