Вы можете использовать Console API (который появился на Java 6) следующим образом:
Console cons = System.console();
if(cons != null) {
char c = (char) cons.reader().read(); // Checking for EOF omitted
...
}
Если вам просто нужна одна строка, вы даже не нужно пройти через объект считывателя:
String s = cons.readLine();