Используйте jQuery, чтобы получить выбранное имя файла для ввода без пути

scanf() читает именно то, о чём вы его просили, оставив следующий \n с конца этой строки в буфере, где fgets() прочитает его. Либо сделайте что-нибудь, чтобы использовать новую строку, или (мое предпочтительное решение) fgets(), а затем sscanf() из этой строки.