Я получал ту же ошибку в капитане OS X El. Mysql версия 5.7. После выполнения этих шагов я смог подключиться к mysql с помощью root.
Остановить сервер mysql
sudo mysql.server stop
Запустить mysql в безопасном режиме
sudo mysqld_safe --skip-grant-tables
Используя mysqld, измените базу данных на mysql и обновите данные для пользователя root.
show databases;
use mysql;
UPDATE mysql.user
SET authentication_string = PASSWORD('MyNewPass'), password_expired = 'N'
WHERE User = 'root' AND Host = 'localhost';
exit;
После этого убейте процесс mysqld_safe и запустите mysql нормально. Вы должны иметь возможность входа в mysql с помощью пароля root и нового. Документация SQL для более подробной информации