Вы можете перенаправить стандартный вывод, вызвав
System.setOut(myPrintStream);
Или - если вам нужно зарегистрировать его во время выполнения, проведите вывод в файл:
java MyApplication > log.txt
Еще один трюк - если вы хотите перенаправить и не можете изменить код: Внесите быструю оболочку, которая вызывает ваше приложение, и запустите его:
public class RedirectingStarter {
public static void main(String[] args) {
System.setOut(new PrintStream(new File("log.txt")));
com.example.MyApplication.main(args);
}
}