Вы не можете их отключить, но вы можете изменить цветовую схему так, чтобы группа выделения NonText была окрашена так же, как и группа выделения подсветки. Однако это влияет не только на конец тильдов документов.
Я сомневаюсь, что это фактически «запутывает» полосу прокрутки MacVim, и если да, то это ошибка в исправлении, которое делает MacVim.