Есть две части вашего вопроса:
Как настроить решения для сборки сборок / EXE в нужные вам папки - это настраивается с помощью свойств проекта в VS (свойства проекта -> build - > выход). Также значение проверки «скопировать локальное» свойство по каждой ссылке.
Как загружать файлы сборок из нестандартных местоположений (т. Е. Из вашей папки ... \ Libraries) - вам нужно внести изменения в свое приложение .config, чтобы добавить эти пути не по умолчанию в место поиска сборки ( http://support.microsoft.com/kb/837908 ).