Как определить двумерный массив в Python

Я вообще не уверен, возможно ли изменить исходный или байтовый код с помощью аннотаций. Из того, что вы описываете, похоже, что аспектно-ориентированное программирование может обеспечить решение вашей проблемы.

Ваши аннотации довольно похожи на концепцию pointcut (они отмечают местоположение, где необходимо вставить код), а вставленный код закрывает совет concept.

Другим подходом был бы анализ исходного файла java в абстрактное синтаксическое дерево, изменение этого AST и сериализация на вход компилятора java.