Я думаю, что OP означает пароль базы данных.
Если кто-то не получает доступ к вашему серверу через FTP или SSH (в этом случае вы уже подключены), я бы не стал беспокоиться о сохранении паролей в открытый текст в файлах PHP. Большинство приложений PHP, которые я видел, делают это так, например phpbb.