Самое простое решение для запуска вашего скрипта в интерпретаторе virtualenv заключается в замене строки по умолчанию shebang на путь к вашему интерпретатору virtualenv, как и в начале скрипта:
#!/path/to/project/venv/bin/python
Сделать исполняемый файл сценария:
chmod u+x script.py
Запустить скрипт:
./script.py
Voila!