Как Tomcat находит каталог веб-приложений?

Доступные инструкции (и семантика каждой команды, конечно) зависят от CPU, а не от ОС, поэтому вы правы.

Но для большинство задач, представляющих интерес (например, ввод-вывод), вам нужно поговорить с ОС (выполнение системных вызовов). Кросс-платформенные абстракции над этими вещами не существуют на этом уровне (ну, вы могли бы попытаться использовать libc, например, но даже тогда вам нужно знать используемое соглашение о вызове, которое может отличаться между платформами и т. д. - в конце концов, вам придется приложить определенную работу для создания такой абстракции самостоятельно, так что AFAIK немногие из немногих людей, которые программируют в сборке, пытаются попробовать), сделать что-то невозможное с помощью ( OS-independent) CPU, вы должны знать, для какой ОС вы программируете, и как сказать, что OS это сделает.

Это не так сильно применимо для встроенного ассемблерного кода, например C, поскольку он в основном используется для чисто вычислений, связанных с CPU, более умным / быстрым способом, чем ожидается от компилятора).