Как вы используете Istanbul Code Coverage с транспонированным Typescript?

Не странно, люди делают это все время. Убедитесь, что имя коллекции правильно (имеет значение) и что ObjectId является точным.

Документация здесь

> db.test.insert({x: 1})

> db.test.find()                                               // no criteria
{ "_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"), "x" : 1 }      

> db.test.find({"_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c")}) // explicit
{ "_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"), "x" : 1 }

> db.test.find(ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"))           // shortcut
{ "_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"), "x" : 1 }