Боюсь, что единственный способ решить эту проблему - это немного javascript, вы должны добавить анимацию как класс, а затем удалить ее, когда анимация закончится.
$(".box").bind("webkitAnimationEnd mozAnimationEnd animationend", function(){
$(this).removeClass("animated")
})
$(".box").hover(function(){
$(this).addClass("animated");
})