Что делает sudo -H?

Альтернативой является tee stdout для stderr в вашей программе:

в java:

System.setOut(new PrintStream(new TeeOutputStream(System.out, System.err)));

Затем в вашем файле dos batchfile: java program > log.txt

stdout войдет в файл журнала, и stderr (те же данные) отобразятся на консоли.