Преобразование строк в int.
db.my_collection.find().forEach( function(obj) {
obj.my_value= new NumberInt(obj.my_value);
db.my_collection.save(obj);
});
Для преобразования строк в двойное.
obj.my_value= parseInt(obj.my_value, 10);
Для float:
obj.my_value= parseFloat(obj.my_value);