Попытка установить значения в массиве

Кроме того: «Cygwin», я предполагаю, что вы имеете в виду sshd или sftpd, потому что сам Cygwin не выполняет SSH.

В любом случае, если вы хотите, чтобы клиент Jsch принимал любой ключ от хоста, переместите .setConfig, который устанавливает StrictHostKeyChecking no так, как раньше session.connect(). В качестве альтернативы вы должны предоставить доступ к хранилищу, содержащему правильный ключ (ы) для ваших хостов (ов), как объясняет @Martin, - и вы всегда должны делать это при подключении к чему-либо, кроме «localhost» или, возможно, к машине, тот же физически защищенный сегмент сети (например, проводной сетевой концентратор в одной комнате).