Является ли Spring @RefreshScope сломанным или я его неправильно использую?

hibernate-entitymanager введет jboss-logging как зависимость, но не является самой последней версией и не имеет этого метода. Похоже, вам не нужен jboss-logging, поэтому попробуйте исключить его:

<dependency>
    <groupId>org.hibernate</groupId>
    <artifactId>hibernate-entitymanager</artifactId>
    <version>5.0.1.Final</version>
    <exclusions>
        <exclusion>
            <groupId>org.jboss.logging</groupId>
            <artifactId>jboss-logging</artifactId>
        </exclusion>
    </exclusions>
</dependency>

Или, если окажется, что вам нужно jboss-logging для спящего режима, затем добавьте более позднюю версию jboss-logging как дополнительная зависимость.

<dependency>
    <groupId>org.jboss.logging</groupId>
    <artifactId>jboss-logging</artifactId>
    <version>3.3.0.Final</version>
</dependency>