Что происходит с Mutex, когда нить, получившая его, выходит?

При выборе «лучшего» подхода более важным соображением, чем скорость, может быть удобство и правильность вашего кода. Если это так, то SQL_CALC_FOUND_ROWS предпочтительнее, поскольку вам нужно поддерживать только один запрос. Использование одного запроса полностью исключает возможность тонкой разницы между основными и счетными запросами, что может привести к неточному COUNT.