Ошибка типа: & # 39; int & # 39; объект не поддерживает индексацию

Не используйте массив. Используйте другой ArrayList.

ArrayList<List<Pair<ParseNode,ParseNode>>> listOfLists = new ArrayList<List<Pair<ParseNode,ParseNode>>>();

listOfLists.add(new ArrayList<<Pair<ParseNode,ParseNode>>());