Вместо использования регулярного выражения используйте метод Python string.find
.
>>>> unique_word_a = 'alpha'
>>>> unique_word_b = 'bravo'
>>>> s = 'blah blah alpha i am a good boy bravo blah blah'
>>>> your_string = s[s.find(unique_word_a)+len(unique_word_a):s.find(unique_word_b)].strip()
i am a good boy