Для окон:
javac -cp ".;/dir/commons.jar;/dir/more_jar_files.jar" MyClass.java
Для unix или mac (спасибо за наконечник Dawood):
javac -cp ".:/dir/commons.jar:/dir/more_jar_files.jar" MyClass.java
Это означает:
javac -cp <path to jar> MyClass.java