Вот пример для 3d-рассеяния с цветами градиента:
import matplotlib.cm as cmx
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
def scatter3d(x,y,z, cs, colorsMap='jet'):
cm = plt.get_cmap(colorsMap)
cNorm = matplotlib.colors.Normalize(vmin=min(cs), vmax=max(cs))
scalarMap = cmx.ScalarMappable(norm=cNorm, cmap=cm)
fig = plt.figure()
ax = Axes3D(fig)
ax.scatter(x, y, z, c=scalarMap.to_rgba(cs))
scalarMap.set_array(cs)
fig.colorbar(scalarMap)
plt.show()
Конечно, вы можете выбрать шкалу для диапазона между различными значениями, например 0 и 1.