Благодаря dbenham это работает, хотя и немного отличается от его предложения:
::preserve blank lines using FIND, no limitations
for /f "USEBACKQ delims=" %%A in (`type "file.properties" ^| find /V /N ""`) do (
set "ln=%%A"
setlocal enableDelayedExpansion
set "ln=!ln:*]=!"
echo(!ln!
endlocal
)