Попробуйте:
session_start();
$sessionId = session_id();
зарегистрировал пользователя. Когда пользователь переключится на другой субдомен, он отправит идентификатор сеанса в URL-адрес, подобный этому user.mydomain.com/?id=$sessionId
$sessionId = $_GET['id'];
session_start($sessionId);
Теперь пользователь получит все значения сеанса и останется в системе.