У меня была эта проблема, и оказалось, что я использую разные файлы php.ini для двух разных поддоменов. Эти ini-файлы задавали разные переменные session.save_path . По очевидным причинам это должно быть одинаковым для всех поддоменов, которым необходимо обмениваться сеансами.