Как установить рабочий каталог в текущую папку, Rstudio? [Дубликат]

Я бы использовал вариант подхода @ steamer25. Дело в том, что я предпочитаю получать последний скрипт, даже когда мой сеанс был запущен через Rscript. Следующий фрагмент, если он включен в файл, предоставит переменную thisScript, содержащую нормализованный путь скрипта. Я признаю (ab) использование source'ing, поэтому иногда я вызываю Rscript и скрипт, предоставленный в --file аргументе, источник другого сценария, который источает другой ... Когда-нибудь я буду инвестировать в превращение моего грязного кода в пакет .

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

Я просто сам это сделал. Чтобы обеспечить переносимость вашего скрипта, всегда начинайте его с:

wd <- setwd(".")
setwd(wd)

Это работает, потому что «.» переводится как команда Unix $ PWD. Присвоение этой строки объекту-символу позволяет затем вставить этот объект-символ в setwd () и Presto , ваш код будет всегда запускаться с его текущим каталогом в качестве рабочего каталога, независимо от того, на чьей машине он включен или где в файловой структуре он находится. (Дополнительный бонус: wd-объект может использоваться с file.path () (то есть file.path (wd, «output_directory»), чтобы создать стандартный выходной каталог независимо от пути к файлу, ведущего к вашей именованной директории. Это требует, чтобы вы создали новый каталог, прежде чем ссылаться на него таким образом, но этому тоже может помочь объект wd.

В качестве альтернативы следующий код выполняет то же самое:

wd <- getwd()
setwd(wd)

или, если вам не нужен путь к файлу в объекте, вы можете просто:

setwd(".")

99% случаев, которые вы могли бы просто использовать:

sys.calls()[[1]] [[2]]

Он не будет работать для сумасшедших вызовов, где сценарий не является первым аргументом, то есть source(some args, file="myscript"). Используйте @ hadley в этих причудливых случаях.

Мне понравилось решение steamer25, поскольку оно кажется самым надежным для моих целей. Однако при отладке в RStudio (в окнах) путь не будет установлен правильно. Причина заключается в том, что если в RStudio установлена ​​точка останова, в поиске файла используется альтернативная команда «отладочный источник», которая устанавливает путь к сценарию несколько иначе. Вот окончательная версия, которую я сейчас использую, которая учитывает это альтернативное поведение в RStudio при отладке:

# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

Мне нравится этот подход:

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

Удивительно, что в R нет структуры типа «$ 0»! Вы можете сделать это с помощью вызова system () для сценария bash, написанного в R:

write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)

. Затем просто разделите имя scriptpath.sh для other.R

splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")

Это работает для меня

library(rstudioapi)    
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path

Ответ rakensi из Получение пути к скрипту R является самым правильным и действительно блестящим IMHO. Тем не менее, это все еще хак, включающий фиктивную функцию. Я цитирую его здесь, чтобы облегчить его поиск другими.

sourceDir & lt; - getSrcDirectory (function (dummy) {dummy})

Это дает каталог файла, в котором размещен оператор (где определена фиктивная функция). Затем он может использоваться для установки рабочей директории и использования относительных путей, например

setwd(sourceDir)
source("other.R")

, или для создания абсолютных путей

 source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))

Это работает для меня. Просто выгружайте его из аргументов командной строки, удаляет ненужный текст, создает имя dirname и, наконец, получает полный путь от этого:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

Вы можете обернуть r-скрипт в сценарии bash и получить путь к скрипту как переменную bash следующим образом:

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF

Здесь существует простое решение задачи. Эта команда:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

возвращает путь к текущему файлу скрипта. Он работает после сохранения сценария.

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

Не спрашивайте меня, как это работает, потому что я забыл: /

См. findSourceTraceback() пакета R.utils , который

Находит все объекты srcfile, сгенерированные источником () во всех кадрах вызовов. Это позволяет узнать, какие файлы в настоящее время написаны с помощью source ().

Подход Steamer25 работает, но только если в пути нет пробелов. На macOS по крайней мере cmdArgs[match] возвращает что-то вроде /base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/ для /base/some\ dir\ with\ whitespace/.

Я работал вокруг этого, заменив «~ + ~» простым пробелом перед его возвратом.

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

Очевидно, вы все равно можете расширить блокировку else, как это сделал aprstar.

Все в одном!

#' current script file (in full path)
#' @param
#' @return
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection
#' @export
csf <- function() {
    # http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript via command line
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
            } else {
                # RStudio Run Selection
                # http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993  
                return(normalizePath(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))
            }
        }
    }
}

Я завернул и расширил ответы на этот вопрос в новую функцию thisfile() в rprojroot . Также работает для вязания с knitr.

У меня были проблемы с реализациями, описанными выше, так как мой скрипт управляется из символического каталога или, по крайней мере, поэтому я думаю, что вышеупомянутые решения не сработали для меня. В соответствии с ответом @ ennuikiller я завернул свой Rscript в bash. Я устанавливаю переменную пути с помощью pwd -P, которая разрешает символические структуры каталогов. Затем передайте путь в Rscript.

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo.R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

Если вместо скрипта foo.R, зная его местоположение пути, если вы можете изменить свой код, чтобы всегда ссылаться на все пути source 'd от общего root, то это может быть большой помощью:

• https://krlmlr.github.io/here/
• https://krlmlr.github.io/rprojroot/

Учитывая

• /app/deeply/nested/foo.R
• /app/other.R

Это будет работать

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

Для определения корней проекта см. https://krlmlr.github.io/rprojroot/ .

Снятый вариант ответа Supressingfire:

source_local <- function(fname){
    argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
    source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}

Обратите внимание, что пакет getopt предоставляет функцию get_Rscript_filename, которая просто использует то же самое решение, представленное здесь, но уже написано для вас в стандартном модуле R, поэтому вам не нужно копировать и вставлять «get script» путь "в каждый скрипт, который вы пишете.

Я не мог заставить решение Suppressingfire работать, когда «источник» с консоли R.

Лучшее из обоих миров?

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

Вы можете использовать функцию commandArgs, чтобы получить все параметры, которые были переданы Rscript, фактическому интерпретатору R и найти их для --file=. Если ваш скрипт был запущен с пути или был запущен с полным путем, script.name ниже начнется с '/'. В противном случае это должно быть относительно cwd, и вы можете выполнить два пути, чтобы получить полный путь.

Edit: похоже, что вам понадобится только script.name выше и снять финальную составляющую пути. Я удалил ненужный образец cwd() и очистил основной скрипт и отправил свой other.R. Просто сохраните этот скрипт и скрипт other.R в том же каталоге, chmod +x, и запустите основной скрипт.

main.R :

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- paste(sep="/", script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

other.R :

print("hello")

output :

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

Это то, что я считаю дехман ищет.

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))