Resample имеет аргумент base, который охватывает этот случай:
base
ts.resample(rule='24H', closed='left', label='left', base=17).sum()
Выход:
2012-01-01 17:00:00 24 2012-01-02 17:00:00 24 2012-01-03 17:00:00 12 Freq: 24H