Загрузка фотографий IOS6 и Safari - Файловый API + Canvas + jQuery Ajax Загрузка и изменение размера файлов асинхронно

Если ваши значения являются ненулевыми строками или числами, вы можете использовать объект в качестве словаря:

var map = {}, result = [], i;
for (i = 0; i < array1.length; ++i) {
    map[array1[i]] = 1;
}

for (i = 0; i < array2.length; ++i) {
    if (map[array2[i]] === 1) {
        result.push(array2[i]);

        // avoid returning a value twice if it appears twice in array 2
        map[array2[i]] = 0;
    }
}

return result;