У меня была эта ошибка и другие связанные, когда я импортировал файл с 16 ГБ SQL. Для меня, редактируя my.ini и устанавливая следующее (на основе нескольких разных сообщений) в разделе [mysqld]:
max_allowed_packet = 110M
innodb_buffer_pool_size=511M
innodb_log_file_size=500M
innodb_log_buffer_size = 800M
net_read_timeout = 600
net_write_timeout = 600
Если вы работаете под Windows, перейдите в панель управления, службы, и посмотрите подробности для MySQL, и вы увидите, где находится my.ini. Затем, после редактирования и сохранения my.ini, перезапустите службу mysql (или перезагрузите компьютер).
Если вы используете HeidiSQL, вы также можете установить некоторые или все из них, используя это.