Убедитесь, что процесс mysqld не перезапускается из-за таких менеджеров служб, как systemd.
У меня была эта проблема в бродяжничестве с centos 7. Усовершенствования настройки не помогли. Оказалось, что система была убита службой mysqld каждый раз, когда потребовалось слишком много памяти.