Вы можете получить минимальную и максимальную норму, которая используется для нормализации данных для выбора цвета.
hb = plt.hexbin(x, y)
print hb.norm.vmin, hb.norm.vmax
Затем вы можете перейти к норме с этой информацией ко второму сюжету. Проблема заключается в том, что первый график должен иметь больший диапазон, чем второй, иначе второй график не будет окрашен.
Альтернативно, и предпочтительно, вы можете построить норму, которую вы передаете в hexbin функция для обоих ваших графиков:
norm = plt.normalize(min_v, max_v)
hb1 = plt.hexbin(x1, y1, norm=norm)
hb2 = plt.hexbin(x2, y2, norm=norm)
HTH,