Не удается обновить плагин для Android Studio gradle 1.4

Переменная list (которую я бы рекомендовал переименовать в нечто более разумное) является ссылкой на объект списка, который можно изменить.

В строке

listoflists.append((list, list[0]))

Вы фактически добавляете ссылку на ссылку на объект переменной списка. У вас есть несколько возможностей для создания копии списка, поэтому listoflists содержит значения, которые вы ожидаете:

Использовать библиотеку копий

import copy
listoflists.append((copy.copy(list), list[0]))

использовать нотацию фрагмента

listoflists.append((list[:], list[0]))