Как удалить все элементы из массива, кроме первого в JavaScript
Чтобы понять, почему это происходит, просто посмотрите на javadoc для Collection.toArray(), а затем посмотрите на метод Collection.toArray(T[] a). Также имейте в виду, что дженерики в Java стираются во время выполнения.