Уникальный индекс в mongoDB 3.2, игнорирующий нулевые значения

new ZipFile(file) 
 снова сжимает файл, поэтому дублируйте усилия, и это не то, что вы ищете.  Несмотря на то, что проверяют только один файл и вопрос сжимают n-файлы. 
 Взгляните на это:  http://www.kodejava.org/examples/336.html  
 Создайте контрольную сумму для вашего zip: 
CheckedOutputStream checksum = new CheckedOutputStream(fos, new CRC32());
ZipOutputStream zos = new ZipOutputStream(new BufferedOutputStream(checksum));
...
 И когда вы закончите показ компрессии 
System.out.println("Checksum   : " + checksum.getChecksum().getValue());
 Вы должны сделать то же самое чтение  zip с java или другими инструментами, проверяющими соответствие совпадений. 
 см.  https://stackoverflow.com/a/10689488/848072  для получения дополнительной информации