C # конвертировать int в строку с нулями заполнения?

Если числа разделены пробелом в строке, вы можете использовать sscanf (). Так как это не так с вашим примером, вы должны сделать это сами:

char tmp[256];

for(i=0;str[i];i++)
{
  j=0;
  while(str[i]>='0' && str[i]<='9')
  {
     tmp[j]=str[i];
     i++;
     j++;
  }
  tmp[j]=0;
  printf("%ld", strtol(tmp, &tmp, 10));
  // Or store in an integer array

}