Подстановка переменных в подготовленных инструкциях PDO не поддерживает массивы. Это один на один.
Вы можете обойти эту проблему, создав необходимое количество заполнителей на основе длины массива.
$variables = array ('1', '2', '3');
$placeholders = str_repeat ('?, ', count ($variables) - 1) . '?';
$query = $pdo -> prepare ("SELECT * FROM table WHERE column IN($placeholders)");
if ($query -> execute ($variables)) {
// ...
}