Конечно, просто заверните свои три счета в POCO или анонимном типе:
using (var invoices = new AccountingEntities())
{
var c = (from i in invoices.Transactions
select new
{
c1 = invoices.Count(i=>i.Type = 0),
c2 = invoices.Count(i=>i.Type = 1),
c3 = invoices.Count(i=>i.Type = 2)
}).Single();
}
Также, выставляйте свой контекст, как я показываю.