Должно ли «или» работать с .Net4 Hasflags: enum.HasFlag (AccessRights.Read | AccessRights.Write)

Вы можете вообще избежать пакетного файла и запустить java.exe с соответствующими параметрами. Это не поможет появлению окна, когда пользователь обычно запускает пакетный файл.