Я бы посоветовал переопределить OnPaintBackground и обработать фоновое стирание самостоятельно. Если вы знаете, что рисуете весь элемент управления, вы можете просто ничего не делать в OnPaintBackground (не называйте базовый метод), и это предотвратит окрашивание цвета фона сначала