В CentOS 6 (также проверенном на Centos 7) вы не можете установить short_open_tag в /etc/php.ini для php-fpm. У вас будет ошибка:
ERROR: [/etc/php.ini:159] unknown entry 'short_open_tag'
ERROR: Unable to include /etc/php.ini from /etc/php-fpm.conf at line 159
ERROR: failed to load configuration file '/etc/php-fpm.conf'
ERROR: FPM initialization failed
Вы должны отредактировать конфигурацию для своего сайта, которая может быть найдена в /etc/php-fpm.d/www.conf и записать в конце файла:
php_value[short_open_tag] = On