При использовании метода find или findById запрос может быть только:
var query = {
$or: [
{'_sender':req.body._id},
{'_recipient':req.body._id}
]
};
При использовании агрегата для запроса нужен листинг
var mongoose = require('mongoose');
var query = {
$or: [
{'_sender':new mongoose.Types.ObjectId(decoded._id)},
{'_recipient':new mongoose.Types.ObjectId(decoded._id)}
]
};