Это можно сделать с помощью пакета archive
.
library(archive)
tf <- tempfile() ; td <- tempdir()
file.path <- "ftp://ftp.ibge.gov.br/Orcamentos_Familiares/Pesquisa_de_Orcamentos_Familiares_2008_2009/Microdados/Dados.zip"
download.file( file.path , tf , mode = "wb" )
archive(tf)