Если используется опция -jar, опция -cp игнорируется. Единственный способ установить путь к классу - использовать файл манифеста в банке.
Легче просто использовать параметр -cp, добавить к нему свой файл jar, а затем явно вызвать основной класс.
Кроме того, если папка / home / user / java / MyProgram / jar / libs содержит файлы jar (в отличие от файлов классов), это не сработает. Вы не можете указать папку jar-файла, но должны указывать каждый файл jar отдельно в пути к классам (стоит написать простой сценарий оболочки, чтобы сделать это для вас, если имеется значительное количество банок).