У меня установлены как CPython, так и Jython. Вот что я делаю, если я хочу установить пакет в Jython через pip.
jython -m pip install <package_name>
Например, для установки рамки робота в jython (поскольку я хочу писать библиотеки ключевых слов в Java), я сделал
jython -m pip install robotframework