При запуске под Windows, Java 7 представил DosFileAttributes , который позволяет фильтровать системные и скрытые файлы. Это можно использовать в сочетании с FileFilter
Path srcFile = Paths.get("myDirectory");
DosFileAttributes dfa = Files.readAttributes(srcFile, DosFileAttributes.class);
System.out.println("System File? " + dfa.isSystem());
System.out.println("Hidden File? " + dfa.isHidden());
Вы можете сделать это с помощью SeekBar ... у него есть прогресс и второстепенный прогресс ... просто выделите его в подклассы и переопределите методы, чтобы делать то, что вы хотите