Python setuptool, как я могу добавить зависимость для libxml2-dev и libxslt1-dev?

Не совсем так... setuptools обрабатывает только зависимости от пакетов, которые уже принадлежат pypi. Так что если вам нужны такие зависимости, я думаю, что вы должны выбрать технологию упаковки, предлагаемую вашим любимым дистрибутивом.

Но вы можете переопределить команду сборки или установки setuptools, чтобы сделать дополнительную проверку перед установкой пакета. Для этого, пожалуйста, посмотрите этот ответ.