В .angular-cli.json есть опция для отключения автоматического создания файлов * .spec, например для компонентов см. схему JSON. Это действительно хорошая особенность, потому что лично (это всего лишь мой ...
У меня угловое приложение с несколькими компонентами и модулями. Здесь я попытался упростить и минимизировать структуру, чтобы помочь понять проблему. Структура приложения -app -Core -donut -...